Peter Parker (Tobey Maguire) conseguiu encontrar um meio-termo entre seus deveres como o Homem-Aranha e seu relacionamento com Mary Jane (Kirsten Dunst).

Porém o sucesso como herói e a bajulação dos fãs, entre eles Gwen Stacy (Bryce Dallas Howard), faz com que Peter se torne auto-confiante demais e passe a negligenciar as pessoas que se importam com ele.

Porém a situação muda quando ele precisa enfrentar Flint Marko (Thomas Haden Church), mais conhecido como o Homem-Areia, que possui ligações com a morte do seu tio Ben. Tendo que lidar com o sentimento de vingança, Peter passa a usar um estranho uniforme negro, que se adapta ao seu corpo.